Am besten du führst mal eine Wasserdruckprobe durch. Das heißt du nimmst z.B. eine Gardena Wasserbrause um somit Regen zu simulieren und lässt mal den Türbereich mit etwas Abstand gleichmäßig berieseln. Ruhig mal so 10 Minuten.
Dabei befindest Du dich im Fahrzeug mit einer Taschenlampe
(keine Funzel, man soll ja was erkennen

) und prüfst mal den ganzen Türbereich ab, ob man den Wassereintritt lokalisieren kann.
Das es über die Wasserabläufe vom Schiebedach kommt halte ich zunächst mal für ausgeschlossen, da die Schläuche dafür meist vom Schiebedachrahmen die A-Säule herunterführen und aussen an der A-Säule die Öffnungen sind.
Sind diese Öffnungen verstopft oder ein Ablaufschlauch heruntergerutscht, würde das Wasser unter der A-Säulenverkleidung in den Fußraum laufen und nicht in dieses "Ablagefach".
Was in jedem Falle nützlich ist, regelmäßig die Abläufe zu prüfen und auch bei zurückgefahrenem Schiebedach die Kulissenführung kontrollieren ob diese verschmutzt sind, sodass das Wasser nicht problemlos ablaufen kann. Sonst läuft das Wasser über den Schiebedachrahmen und das Problem mit nassem Fußboden lässt nicht lange auf sich warten.
Aber zurück zum Thema...
An der Tür können es verschiedene Ursachen sein:
- Wie auch schon angesprochen die Türdichtung
- Der Fensterrahmen dichtet zum Dachholm nicht exakt ab
(Fensterrahmen oben zum Dach kontrollieren, ob er absteht. Wenn ja, kleiner Karosseriebauer Tipp

: Scheibe herunterfahren, Tür öffnen, mit einem Knie oben gegen die Türverkleidung Bereich Verriegelungsknopf und mit beiden Händen den Fensterrahmen oben gleichmäßig reinbiegen)
- Die Türfolie unter der Türverkleidung ist nicht richtig verklebt und dichtet unten nicht ab, sodass das Wasser von der Tür in den Innenraum gelangt
- Ist die Tür zum Seitenteil Bereich B-Säule oder hinteren Tür nicht bündig und steht ab, den Schließkeil lösen und neu einstellen bzw. weiter rein stellen bis bündig.
Wenn möglich, auf der Seite des Wassereintritts mal den Teppichboden hochlegen und prüfen wie es darunter aussieht. Das Wasser sammelt sich in den Dämmmatten darunter und fault vor sich hin...
Ist das der Fall, Sitz ausbauen, Teppich hochlegen, mit Holz stützen, Wassermengen grob entfernen und dann den Rest mit einem Heizlüfter trocknen lassen (beansprucht etwas Zeit). Tür auf und in den Innenraum lüften lassen.
So nun mal mehr als genug Text. Hoffe es sind hilfreiche Tipps dabei...